阴八十一日”，而博洛的狠辣与残暴，也随着这场屠城，传遍了整个江南。

顺治三年，博洛被清廷正式任命为征南大将军，同固山额真图赖率领大军南下，全权负责进攻浙江、福建等地的军务。博洛率领满洲八旗主力抵达南京之后，原平南大将军、贝勒勒克德浑与他完成了东南军务的交接，便带着自己的本部兵马返回北京休整。

接手东南军务之后，博洛立刻着手整顿兵马，收编了大量明朝的降兵降将，兵力迅速扩充。准备妥当之后，他兵分两路，大举进攻浙东：一路由主力马步兵组成，从杭州六和塔、富阳、严州一线涉水渡过钱塘江，从正面发起进攻；另一路则是水师部队，从鳖子门沿海岸线全线出击，配合陆路部队夹击明军。

五月二十九日夜里，鲁监国朱以海见大势已去，在张名振等将领的护卫下，仓皇离开绍兴，经台州乘船逃往海上。次日清晨，博洛便率军渡过钱塘江，亲自领兵追击。六月初一，清军顺利占领绍兴，浙东的鲁王政权就此土崩瓦解。

平定浙东之后，博洛的下一个目标便是福建的隆武政权。当时镇守福建的郑芝龙，手握十余万水陆大军，是隆武政权的支柱。清朝大学士洪承畴与郑芝龙是同乡，他写信给郑芝龙，以“三省王爵”的厚禄高官相利诱，劝其归降清廷。郑芝龙本就胸无大志，又贪图富贵，不顾儿子郑成功与麾下众将的苦苦劝阻，执意带着几个儿子北上，前往博洛的大营投降。

可郑芝龙万万没想到，博洛从一开始就没打算兑现承诺。郑芝龙一到清营，博洛便立刻翻脸，背信弃义地将郑芝龙与其诸子全部扣押，随后强行押往燕京。不仅如此，博洛还趁郑家群龙无首之际，派兵突袭了郑芝龙的老家闽南南安，在当地烧杀劫掠，将郑家的祖宅与产业抄掠一空。也正是博洛的这一举动，彻底断绝了郑成功的退路，让他与清廷结下了不共戴天之仇，从此走上了坚决抗清的道路。

顺治六年正月，山西总兵姜镶在大同起兵反清，附近各府县纷纷响应，山西全境震动，局势岌岌可危。博洛奉命与硕塞一同率军北上，救援代州。